El lugar era un islote natural, de forma ovoide de unos 200 metros en su diámetro mayor y con una altura máxima de 40 metros., distante a 150 metros de tierra firme frente a la llamada Punta del Fraile. Se conocía como Islote de San Pedro, y fue unido al continente por un brazo artificial producto de un relleno. Estas obras fueron ejecutadas en los años 1977-1978 con el objeto de dar lugar a la Cofradía Náutica del Pacífico Austral.

El Islote es alimentado a través de aguas lluvias y por la condensación de las neblinas costeras, que mantienen una vegetación escasa y rala. Presenta formaciones de matorral esclerófilo asociado con suculentas, especialmente cactáceas. La vegetación más abundante la constituyen las gramíneas que colonizaron este lugar. En su parte más alta existe una pequeña plantación exótica de pino insigne (Pinus radiata).

Se han contabilizado más de 20 especies de aves marinas y una importante presencia de especies migratorias. Las principales colonias la conforman los pingüinos de las especies Pingüino de Humboldt (Spheniscus humboldti) y Pingüino de Magallanes (Spheniscus magellanicus).

El islote es propiedad del Estado, exceptuándose la concesión otorgada a la Cofradía Náutica del Pacifico Austral de un sector de terrenos de playa, playa y fondos de mar. Se encuentra bajo la protección in situ de dicha Cofradía y es administrada por la Corporación Nacional Forestal.

La única instalación que de alguna forma altera el ambiente natural del Santuario es el relleno que une la Puntilla con el Islote Pájaros Niños.